CheckDNS

Esta fue una de las primeras opciones y con las prisas de solucionar el problema, con la que más trabaje. A primera vista, tardas unos segundos en encontrar donde ingresar el nombre del dominio al cual quieres que revisen; El reporte es bastante básico, pero se genera rápidamente. Seguro funcionará para detectar los puntos más graves que den problemas con otros servidores DNS.

intoDNS

De todas las opciones que encontré me quedo con intoDNS. Si bien los reportes de intoDNS no tienen algunos puntos de los de DNS Stuff, me parece suficientemente completo para sacar la tarea. A parte que el diseño del sitio, los reportes y no mostrar anuncios hacen de intoDNS realmente agradable. Me gusta que usen URLs amigables. Recomendado.

Pingability

Este sería un ejemplo de que mostrar demasiada información, hace difícil de comprender el reporte. Toda la información importante está al inicio del reporte, y definitivamente necesita mejorar la presentación. Aún así es una buena alternativa, para usarlo como segunda «opinión».

ZoneCheck

Solo muestra errores y advertencias, pero resulta interesante que cuente con un modo batch y con un programa (para linux). Le veo utilidad para revisar rápidamente muchos dominios a la vez, los mensajes del reporte no son muy detallados.

DNS Queries

Otra muy buena alternativa para ver el estado de los DNS, el reporte es muy similar al de intoDNS aunque toca esperar un poco más de tiempo a que se termine de generar. Además tienen muchas otras herramientas de diagnostico y redes, muy a lo DNS Stuff.

Ahora solo me queda de tarea revisar todos los dominios, y cada vez que mueva alguno asegurarme de que todo quedo bien configurado con alguno de estos servicios. Respecto al problema que comentaba al inicio, resultó ser una mala configuración de WHM/Cpanel al crear la cuenta con un dominio que no se iba a hospedar en ese servidor, hizo que todos los SOAs de los dominios fueran incorrectos ¬¬